Если нельзя доказать, что сотрудник заболел уже после прогула, лучше его не наказывать.

Во время рабочих суток сотрудник поздно вечером почувствовал себя плохо и ушел с работы. Больничный он получил только утром следующего дня. За самовольный уход с работы сотрудник был уволен за прогул.