Почему трудовые споры рассматриваются в суде по месту регистрации работодателя, а не по месту жительства работника?

Действительно, по мнению Верховного Суда РФ это условие ухудшает положение работника по сравнению с закрепленным в законодательстве, а значит, не подлежит применению. С 3 октября 2016 года ГПК РФ позволяет работникам подавать по месту жительства иски о защите трудовых прав.
См.: Определение Верховного Суда РФ от 14.08.2017 N 75-КГ17-4.