Имущественный вычет по НДФЛ может быть предоставлен физлицу до окончания налогового периода его работодателем. Работодатель – это организация (или ИП), с которой гражданин состоит в трудовых отношениях на основании трудового договора.

Соответственно, если вместо трудового договора компания и физлицо заключили гражданско-правовой договор, то такая организация не считается работодателем в отношении этого физлица и не вправе предоставить ему имущественный вычет. См.: Письмо ФНС России от 07.03.2017 N БС-4-11/4076