Если сотрудника направляют в командировку по основному месту работы, то на работе по совместительству можно оформить отпуск без сохранения зарплаты. Работодатель вправе предоставить такой отпуск по письменному заявлению сотрудника.

Ведомство советует продумывать вопросы с командировками уже при заключении трудового договора о работе по совместительству. Нужно выяснить, предполагает ли основная работа сотрудника командировки, если да — урегулировать моменты, которые могут привести к разногласиям.
Правильно будет, если в трудовом договоре с совместителем закрепить, что на время командировки по основному месту работы сотрудник пишет заявление на неоплачиваемый отпуск, а работодатель предоставляет таковой.
См.: Письмо Минтруда России от 05.03.2018 N 14-2/В-149